Пцр 4 инфекции

Как выявляют пациентов, зараженных COVID-19 и насколько надежны российские тесты на коронавирус

Роспотребнадзор отчитался о том, что по состоянию на 15 марта в России проведено почти 110 тыс. тестов на коронавирус. Эта цифра вызывает вопросы: наша страна оказалась среди лидеров тестирования, хотя российский метод определения болезни не опубликован на сайте ВОЗ, а скорость тестирования в нашей стране в шесть раз быстрее, чем у иностранцев, — это довольно подозрительно. Znak.com попросил медицинского журналиста Даниила Давыдова объяснить, как устроены тесты на коронавирус и можно ли доверять данным Роспотребнадзора.

Как устроено тестирование на коронавирус в России и в мире

2 марта 2020 года Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) обновила временное руководство по лабораторной диагностике заболевания, которое называется «коронавирусная болезнь 2019», или COVID-19.

Согласно руководству ВОЗ, анализы на вирус SARS-CoV-2 должны проводиться:

1. Методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) с обратной транскрипцией. Это самый точный и надежный метод диагностики вирусной инфекции, который позволяет обнаружить даже очень небольшое количество генетического материала (РНК) вируса в биологическом материале человека. Предпочтительно брать мазок из ротоглотки или носоглотки, потому что в кале и крови вирусов меньше.
2. В лаборатории с уровнем биологической безопасности 2 (BSL-2). Всего существует четыре уровня безопасности. На первом уровне требования минимальные, на четвертом — самые строгие. В лабораториях с уровнем безопасности BSL-2 исследуют микробов, представляющих умеренную опасность для сотрудников лаборатории и для окружающей среды.

Почему пока нет домашних экспресс-тестов на коронавирус

ПЦР-анализ с обратной транскрипцией на SARS-CoV-2 можно провести только в лабораторных условиях, потому что для него требуется набор реактивов и лабораторное оборудование. Для этого нужны:

• микроцентрифуга,
• мешалка,
• детекторный модуль ПЦР в реальном времени с реакционным модулем амплификатора.

На дому такой тест сделать нельзя, поэтому экспресс-тестов на основе ПЦР не существует.

27 февраля 2020 года сингапурские исследователи объявили, что разработали иммуноферментный анализ (ИФА) на антитела к SARS-CoV-2. На основе ИФА можно разработать в том числе и «домашние» экспресс-тесты на SARS-CoV-2. Однако пока это чисто экспериментальная разработка.

Но даже если в конце концов экспресс-тесты на основе ИФА и появятся, они будут уступать лабораторной ПЦР и в точности, и в скорости определения заражения вирусом. ИФА-тест обнаруживает не генетический материал вируса, а антитела — иммунные белки, которые организм вырабатывает к вирусу. Чтобы организм успел выработать антитела, с момента заражения должно пройти около недели. Если сделать ИФА-тест раньше, он не покажет заражения, даже если в организме у человека уже есть вирус SARS-CoV-2.

Как делают анализы на коронавирус во всем мире

Где делают тест. В Европе, Великобритании и Австралии тесты делают в любой лаборатории с уровнем безопасности BSL-2, в которой есть оборудование для ПЦР-реакции с обратной транскрипцией и реактивы, которые необходимы для поиска РНК вируса SARS-CoV-2. В США тесты делают в лабораториях Центра по контролю и профилактике инфекционных заболеваний (CDC) и в государственных лабораториях общественного здравоохранения. Тест проводится в соответствии с протоколом, принятым в конкретной стране.

Принцип действия теста. В США и других странах для анализа берут мазок с задней стенки глотки, образец слюны или жидкости из нижних дыхательных путей (то есть мокроты). Затем образец доставляют в лабораторию и выделяют из него рибонуклеиновую кислоту (РНК), содержащую геном вируса. Затем к смеси реагентов добавляют фермент, который превращает РНК в ДНК — это и есть обратная транскрипция. После этого вирусную ДНК копируют миллионы раз и ищут в ней участок, соответствующий геному SARS-CoV-2. Если такой участок есть, анализ признают положительным.

Состав набора для анализа. Все зарубежные наборы для определения вируса похожи по составу. Для примера мы взяли американский набор «CDC 2019-Novel Coronavirus (2019-nCoV)», рассчитанный на 1 тыс. реакций:

• два набора «вирусных» праймеров и зондов — «кирпичиков», из которых будут собирать копии генома коронавируса, и флуоресцентных «меток», которые покажут, есть ли в образце разыскиваемый участок вирусного генома. В инструкции к набору указан объем и состав обоих наборов, предназначенных для поиска двух участков коронавирусного гена N: 2019-nCoV_N1, 2019-nCoV_N2;
• набор «человеческих» праймеров и зондов — он нужен, чтобы не перепутать человеческую РНК с РНК вируса: RP. В инструкции указан объем и состав набора;
• набор положительных и отрицательных контрольных образцов для двух участков коронавирусного гена N и для человеческой РНК. Контроль помогает понять, работает реактив или нет;
• подробная инструкция, в которой сказано, реактивы каких производителей можно взять для выделения РНК из биоматериала и для обратной транскрипции — то есть для «превращения» РНК в ДНК.

Точность. Тест способен обнаружить 0,3–3 копии вирусной РНК в микролитре (0,001 мл).

Сроки. 24–48 часов.

Сколько сделано анализов. По данным CDC, на 16 марта 2020 года в США на SARS CoV-2 было проверено: в лабораториях CDC — 4 тыс. 255 анализов; в 48 государственных лабораториях — 20 тыс. 907 анализов. Анализы начали делать 18 января 2020 года.

Цена. Тестирование оплачивает государство. Сдать анализ на SARS-CoV-2 в частной лаборатории за деньги нельзя.

Как делают анализы на коронавирус в России

11 февраля 2020 года ФБУН ГНЦ ВБ «Вектор» Роспотребнадзора получил регистрационное удостоверение № РЗН 2020/9677 на тест-систему «Вектор-ПЦРрв-2019-nCoV-RG», предназначенную для выявления РНК коронавируса 2019-nCoV методом ПЦР. Эта информация была опубликована на сайте Роспотребнадзора.

Где делают тест. Согласно документу Роспотребнадзора «О требованиях к организации лабораторных исследований на новую коронавирусную инфекцию», проводить тест можно в лабораториях, у которых есть лицензия на работу с возбудителями инфекционных заболеваний человека и животных II степени потенциальной опасности.

Это соответствует уровню безопасности BSL-3. Пример микроба, с которым обычно работают в лаборатории BSL-3 — Mycobacterium tuberculosis, то есть бактерии, вызывающие туберкулез. Получается, что в нашей стране для работы с коронавирусом лаборатории нужен почти что самый высокий уровень биологической безопасности из возможных — BSL-3. Это притом что большинство российских лабораторий, как и везде в мире, имеет уровень безопасности BSL-2. (Дополнение от 17.03.2020, 18:27 мск: в этот фрагмент внесены изменения, уточнена информация об уровнях безопасности лабораторий.)

Во временных методических рекомендациях Минздрава по профилактике, диагностике и лечению новой коронавирусной инфекции 2019-nCoV написано, что все образцы биологических материалов «в обязательном порядке направляют в научно-исследовательскую организацию Роспотребнадзора или в Центр гигиены и эпидемиологии в субъекте Российской Федерации». Адреса лабораторий в рекомендациях не указаны. Из публикаций СМИ можно сделать вывод, что часть материалов для анализа отправляется в Новосибирск, где расположен «Вектор».

Принцип действия теста. Как и за рубежом, анализ проводят методом ПЦР-реакции с обратной транскрипцией.

Состав набора для анализа. Опубликованное описание набора реагентов «Вектор-ПЦРрв-2019-nCoV-RG» выглядит так:

• реагент-1, прозрачная бесцветная жидкость, 0,70 мл, 1 пробирка;
• реагент-2, прозрачная бесцветная жидкость, 1,20 мл, 1 пробирка;
• положительный контроль (ПКО), прозрачная бесцветная жидкость, 0,20 мл, 1 пробирка;
• отрицательный контроль (ОКО), прозрачная бесцветная жидкость, 0,20 мл, 1 пробирка;
• эксплуатационная документация: инструкция по применению и паспорт.

Данные по составу реагентов не опубликованы.

Точность. ТАСС сообщает, что тест позволяет обнаружить 50–500 вирусных частиц в образце.

Сроки. ТАСС сообщает, что результат исследования может быть получен за 4–8 часов (в шесть раз быстрее, чем в США). По словам представителей «Вектора», результат можно получить даже за два часа. Скорее всего, срок такой маленький, потому что речь идет только о самом ПЦР-анализе — без выделения РНК.

Сколько сделано анализов. По данным Роспотребнадзора, на 15 марта 2020 года лаборатории Центра гигиены и эпидемиологии Роспотребнадзора в субъектах Российской Федерации выполнили 109 тыс. 939 анализов. Дата, когда начали делать анализы, на сайте Роспотребнадзора не опубликована. По данным производителя, российский тест поставляется в 15 крупнейших диагностических лабораторий страны.

Цена. Тестирование оплачивает государство. Сдать анализ на SARS-CoV-2 в частной лаборатории за деньги нельзя.

Источник: www.znak.com

4 обязательных анализа

Комплексное исследование объединяет 4 анализа, обязательных для госпитализации, постановки на учет, перевода из/в лечебное учреждение, получения санитарной книжки, получения разрешения на работу в РФ и пр. Исследования позволяют обнаружить заболевания, передаваемые при медицинских процедурах и половым путем: ВИЧ, гепатиты В и С, сифилис. В случае анонимной сдачи данного обследования не требуется указывать паспортные данные (Ф. И. О, адрес постоянного места жительства, гражданство).

В комплекс входят:

• HIV 1,2 Ag/Ab Combo (определение антител к ВИЧ типов 1 и 2 и антигена p24)
• Anti-HCV, антитела, ИФА
• Treponema pallidum, антитела, ИФА
• HBsAg, ИФА

Гепатит С, антитела + гепатит B, антиген, австралийский антиген + ВИЧ 1 и 2, антитела и антиген p24 + сифилис (бледная трепонема), антитела.

Anti-HCV + HBsAg, Hepatitis B Surface Antigen + HIV 1,2 Ag/Ab Combo,HIV 1,2 Abs, p24 antigen + Treponema pallidum Abs.

Иммуноферментный анализ (ИФА).

Какой биоматериал можно использовать для исследования?

Как правильно подготовиться к исследованию?

• Не курить в течение 30 минут до исследования.

Общая информация об исследовании

Исследование предназначено для скрининга гепатитов B и C, ВИЧ-инфекции 1 и 2 типов и сифилиса.

Для скрининга гепатита B в тесте определяют один из антигенов этого вируса – HBsAg. Он входит в состав оболочки вируса и является самым ранним маркером активной инфекции. HBsAg обычно появляется в крови через 2-8 недель после заражения. Этот антиген может быть обнаружен как при остром, так и при хроническом гепатите В. Он не определяется при разрешении острой инфекции гепатита В и после вакцинации. Следует подчеркнуть, что HBsAg также не обнаруживается в период «серологического окна». Более того, в некоторых случаях инфекция гепатита носит латентный характер, при этом вирус сохраняется в ткани печени (о чем свидетельствует положительный результат анализа на ДНК вируса), однако HBsAg в крови не выявляется. Таким образом, HBsAg – это чувствительный, но не абсолютный маркер для исключения гепатита В. Присутствие HBsAg в крови более 6 месяцев служит одним из критериев диагностики хронического гепатита В. При выявлении HBsAg в крови проводят дополнительные, подтверждающие тесты для уточнения диагноза.

Для скрининга гепатита C в тесте определяют IgG-антитела к этому вирусу. Anti-HCV могут быть обнаружены как при текущей инфекции (острой или хронической), так и при разрешении острого гепатита C. Таким образом, анализ на Anti-HCV не позволяет дифференцировать острый и хронический гепатит и гепатит C в анамнезе. При выявлении Anti-HCV в крови проводят дополнительные, подтверждающие тесты для уточнения диагноза.

Скрининг ВИЧ-инфекции 1-го и 2-го типа осуществляется с помощью определения антител к этому вирусу и антигена p24. Анализ на антитела к вирусу характеризуется очень высокой чувствительностью (> 99,5 %). Специфичность такого анализа ниже: ложноположительный результат может наблюдаться при наличии в крови пациента аутоантител, заболеваниях печени, недавней вакцинации против вируса гриппа и при наличии другой острой вирусной инфекции. По этой причине при получении положительного результата проводят дополнительный, подтверждающий анализ. Также для получения более точной информации о ВИЧ-статусе пациента анализ на антитела к ВИЧ дополняют анализом на антиген p24 – один из структурных белков вирусного капсида, являющийся ранним маркером острой ВИЧ-инфекции. Анализ на p24 может быть особенно полезным на ранних стадиях инфекции, когда титр антител к вирусу еще не достиг определяемого уровня. Следует отметить, что при выработке достаточного количества антител к ВИЧ (в том числе и к p24) этот антиген может больше не определяться. Специфичность анализа на p24 достигает 100 %, а его чувствительность – 30-50 %. Комбинация двух тестов для определения ВИЧ (антитела и антиген p24) позволяет достичь 100 % чувствительности и специфичности.

Для скрининга сифилиса в тесте определяют IgM- и IgG-антитела к бледной трепонеме (Treponema pallidum). Анализ характеризуется очень высокой чувствительностью. При следующих факторах могут наблюдаться ложноположительные результаты: наличие в крови аутоантител (например, антиядерных антител), наличии ОРВИ, мононуклеоза, кори и других вирусных инфекций, узелкового периартериита, ревматоидного артрита, склеродермии и других заболеваний соединительной ткани, других спирохетозов (болезнь Лайма, лептоспироз) и других трепонематозов. По этой причине при получении положительного результата анализа проводят дополнительные, подтверждающие тесты для уточнения диагноза. Серологические тесты имеют наибольшую информативность во вторичном периоде и при латентном сифилисе.

Так как в исследовании определяются антитела к возбудителям заболеваний, при интерпретации результата следует учитывать состояние иммунной системы пациента. Ложноотрицательные результаты могут наблюдаться у пациентов с иммуносупрессией (прием глюкокортикоидов и других иммуносупрессантов) и у пожилых людей. Также большое значение имеют анамнестические данные: принадлежность пациента к группе риска по этим заболеваниям (использование инъекционных наркотических средств, многократные переливания крови), наличие аутоиммунных и инфекционных заболеваний, физиологическое состояние организма (беременность, пожилой возраст).

Для чего используется это исследование?

• Для скрининга гепатитов B и C, ВИЧ-инфекции 1-го и 2-го типов и сифилиса.

Когда назначается исследование?

• При госпитализации в стационар;
• при оформлении санитарной книжки;
• при постановке на учет по беременности;
• при постановке на воинский учет;
• при получении разрешения на работу.

Что означают результаты?

Референсные значения: отрицательно – для всех 4 показателей.

Источник: helix.ru

ПЦР-анализ – диагностика инфекций: показатели и расшифровка результатов

Данная методика славится своей точностью и универсальностью. Посредством ПЦР-обследования можно выявить одновременно несколько видов вредоносных микроорганизмов в одном образце. Для подобных мероприятий биоматериал может быть использован разнообразный: слюна, моча, кровь, плевральная жидкость и т.д.

С другой стороны, для осуществления данной диагностики необходимо современное оборудование и подготовленные должным образом кадры. При выборе медицинского учреждения лучше ориентироваться на крупные заведения, которые могут позволить себе приобрести новейшие приборы. Это прямым образом отобразится на скорости расшифровки анализа и на его точности.

Что представляет собой анализ методом ПЦР?

Вся совокупность генетической информации, которой располагает любой живой организм, содержится в ДНК. Указанную нуклеиновую кислоту составляют четыре соединения. Идентифицировать живое создание совсем несложно: у каждого из них, независимо от параметров (будь то бактерия, животное, рыба), имеется своя уникальная ДНК.

Некоторые же микроорганизмы хранят генетические сведения о себе в РНК.

В основе рассматриваемого тестирования – использование специальных ферментов, благодаря которым осуществляется копирование некоторых участков ДНК/РНК вирусных, микробных, иных инфекций.

Источником указанных возбудителей может служить практически любой биологический материал, взятый у человека: слюна кровь, моча, выделения из уретры или влагалища и т.д.

Так как в образцах крови и других биологических материалах содержание нуклеиновых кислот весьма низко, при помощи иных методов исследования выявить конкретное заболевания невозможно. В ходе ПЦР можно достичь увеличения уровня ДНК молекул, что обеспечивает достоверную постановку диагноза в будущем.

Для проведения анализа лаборанты применяют специальное оборудование – амплификатор. Данный прибор нагревает и охлаждает пробирки, в которые помещен биоматериал. Адекватный температурный режим прямо влияет на точность полученных результатов.

В итоге ПЦР лаборанты получают электрофореграмму, на которой зафиксированы фрагменты выделенных нуклеиновых кислот.

Указанное изображение сверяют с базой данных на компьютере — и таким образом определяют тип возбудителя, его концентрацию в организме.

Какие можно определить заболевания?

Посредством рассматриваемого анализа можно выявить следующие патологии:

1.Вирусные агенты, среди которых возбудители:

• ВИЧ.
• Гепатита А, В, С, D, G.
• Инфекционного мононуклеоза.
• Клещевого энцефалита.
• Герпеса I и II типа.
• Цитомегалии.
• Папилломавирусной инфекции.

2. Некоторые виды бактериальных инфекций:

• Туберкулез.
• Хеликобактер пилори.
• Гарднереллез
• Листериоз.
• Кампилобактериоз.
• Сифилис.
• Гонорея.

3. Внутриклеточные паразиты:

• Хламидии.
• Уреаплазмы.
• Микоплазмы.

4. Инфекции, спровоцированные грибками:

• Трихомониаз.
• Кандидоз.

При помощи полимеразной цепной реакции можно также установить отцовство.

Правила сбора материала для исследования

Чтобы получить максимальной точный результат, забор биообразцов для ПЦР производят следующим образом:

1. Инструментарий, контейнеры для изъятого материала должны быть продезинфицированы. А лучше использовать одноразовые приспособления.
2. Собранные образцы крови нужно помещать в пробирки, которые содержат антикоагулянты. А в процессе забора обращаются к специальным вакуумным системам.
3. Забор любого биоматериала нужно осуществлять в манипуляционном кабинете.

Для диагностики могут использовать различный материал: все будет зависеть от разновидности инфекции:

• Мaзки/сoскобы из шейки матки/уретры, утренняя мoча: при тестировании на патологии, которые передаются половым путем.
• Крoвь: при тестировaнии на TORCH-инфекции, ВИЧ, гепатит.
• Спиннoмозговая жидкoсть: при подозрении на дефекты в работе центральной нервной системе.
• Мазoк из горла/зева: при проверке на цитомегаловирус, мононуклеоз.
• Мoкрота/плевральная жидкость: при инфицировании легких.
• Образцы ткани плаценты: для исключения либо подтверждения внутриутробной инфекции.

Подготовка к сдаче

Пациенту перед сдачей биологических материалов необходимо должным образом подготовиться:

1. Если указанный материал извлекают из уретры, запрещены половые акты и использование антибактериальных средств для интимной гигиены за 3 дня до сдачи анализа. За 3 часа до тестирования нужно воздержаться от мочеиспускания.
2. Кровь для исследований берут ранним утром на голодный желудок.
3. Для тестирования мочи используют первую ее порцию после сна. Для данного анализа пациенту следует предварительно приобрести специальный контейнер в аптеке. Взятый биоматериал желательно доставить в диагностическую лабораторию через два часа.
4. Мазок из влагалища лучше брать за пару дней до менструации, либо через 1-2 дня после ее завершения.
5. Образец слюны нужно изымать только после тщательного полоскания (3 раза) ротовой полости физиологическим раствором.

Если есть возможность, взятый биообразец нужно сразу же отнести в лабораторию.

При невозможности срочной доставки, материал можно хранить короткое время в прохладном месте (+4…+8 С).

При необходимости длительного хранения некоторые виды биоматериалов можно замораживать, но — только единожды.

К контейнеру следует обязательно приложить направление доктора на ПЦР.

Сроки проведения ПЦР-диагностики

Продолжительность подготовки результатов рассматриваемого вида тестирования будет определяться возможностями лаборатории, в которой его будут проводить.

Показатели и расшифровка результатов ПЦР

В ходе применения качественной методики ПЦР-обследования, можно получить два варианта ответа:

• Положительный. Указывает на то, что в организме пациента присутствует чужеродные ДНК/РНК, а значит произошло заражение. Если у пациента нету каких-либо жалоб, в целом он чувствует себя хорошо, а результаты ПЦР-диагностики положительные, это свидетельствует о начальной стадии заболевания. При подобных ситуациях лечение не отнимет много времени и денег. В крайне редких случаях результат может быть ложноположительным: при нарушении правил антисептики в ходе забора биоматериала.
• Отрицательный. Означает отсутствие искомых вирусных агентов во взятом образце. Ложноотрицательный результат может стать следствием человеческого фактора (в первую очередь – нарушение правил хранения биообразца, неправильный его сбор).

Количественная оценка исследуемого биоматериала дает возможность делать выводы о том, какой уровень нагрузки оказывают вирусы/бактерии на организм.

В ходе расшифровки определяют число чужеродных РНК или ДНК, которые концентрируются в 1 мл. крови (МЕ/мл).

Повторный анализ зачастую назначают через 1 месяц после лечебных мероприятий.

Точность ПЦР-диагностики

Главными преимуществами рассматриваемого тестирования являются его надежность и достоверность.

• Наиболее точно определить наличие/отсутствие инфекции в организме.
• Диагностировать разновидность вирусного агента.
• Отыскать бактерии даже при минимальном количестве вражеских ДНК во взятом биоматериале.

Процент неверного диагностирования минимален.

Причины ложноположительных и ложноотрицательных результатов описаны выше.

Загрузка.

Источник: www.operabelno.ru